Institut Agama Islam Uluwiyah Mojokerto berdiri sejak tahun 1998 dengan nama Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah “Uluwiyah” Mojosari Mojokerto dengan program Studi (Jurusan) Pendidikan Agama Islam.
Berdirinya Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah “Uluwiyah” Mojosari Mojokerto ditandai dengan dikeluarkannya Surat Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Nomor E/121/1998 tentang Pemberian Status Terdaftar Program Strata Satu (S1) Jurusan Pendidikan Agama Islam (PAI) Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah “Uluwiyah” Mojosari Mojokerto.
SK tersebut ditandatangi oleh Drs. H. Marwan Saridjo selaku Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam pada tanggal 1 Juni 1998.
17 Tahun kemudian, tepatnya pada tahun 2015, Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah “Uluwiyah” Mojosari Mojokerto beralih status menjadi Institut Agama Islam Uluwiyah Mojokerto.
Perubahan status Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah “Uluwiyah” Mojosari Mojokerto menjadi Institut Agama Islam Uluwiyah Mojokerto ditandai dengan dikeluarkannya Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 1774 Tahun 2015 tentang Persetujuan Perubahan Bentuk Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah “Uluwiyah” Mojosari Mojokerto beralih status menjadi Institut Agama Islam Uluwiyah Mojokerto.
SK tersebut ditandatangi oleh Kamaruddin Amin selaku Direktur Jenderal pada tanggal 24 Maret 2015.